Un grupo de genómica computacional de Barcelona ha desarrollado un nuevo método bioinformático que analiza los cambios genéticos en pacientes de cáncer en pocas horas, una operación para la que ahora se necesita emplear una semana.
La investigación ha sido dirigida por el biólogo David Torrents en el Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Computación (BSC-CNS), el centro de supercomputación más prestigioso de España. Según declaraciones de este biólogo que es también un experto en informática, gracias al nuevo programa "se pueden detectar las mutaciones celulares de un tumor cancerígeno en cinco horas, y además de una forma más sencilla y más barata".
El nuevo método computacional, llamado
SMUFIN (Somatic Mutations Finder),
permite detectar de forma "sencilla, rápida y precisa" las alteraciones genéticas que causan la aparición y progresión de tumores. Según Torrents, "incluso es capaz de localizar las grandes reorganizaciones de cromosomas difícilmente detectables hasta ahora".
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| David Torrents y Santiago González |
El
artículo en el que se recoge y explica esta
nueva forma de analizar genomas ha sido publicado en la revista
Nature Biotechnology. Para usar el nuevo método sólo es necesario tener conocimiento básicos de Linux, programa con el que ha sido desarrollado.
Los resultados de esta investigación suponen un paso importante para alcanzar la medicina personalizada, ya que "el análisis genómico de cada paciente ayudará --según Torrents-- a su diagnóstico, y permitirá la selección de tratamientos cada vez más eficaces y menos agresivos".
El nuevo análisis bioinformático permite a los médicos encontrar las mutaciones de un tumor en cinco horas, de modo que ya no será necesario acudir a grandes computadoras (que encarecían el proceso haciendo difícil su aplicación a la clínica diaria), sino que se podrá efectuar en cualquier hospital.
Según ha explicado Torrents, "para estudiar un cáncer hay que identificar la mutación de la célula que se ha vuelto loca y para eso se mira en el genoma qué mutación ha sufrido. Para ello se secuencia el genoma y se compara con una célula sana, para ver qué cambio hay y qué proteína está tocada y ver qué fármaco se tiene que dar".
La
principal novedad de SMUFIN es que realiza una comparación directa entre el genoma de células sanas y el genoma de células tumorales de un mismo paciente y localiza prácticamente todas las mutaciones detectables a la vez sin tener que recurrir a varios programas y potentes computadoras.
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| MareNostrum, el superordenadore del BSC |
El nuevo método también sirve de impulso a la investigación biomédica, ya que abarata la comparación masiva de genomas para estudiar el origen de enfermedades complejas y facilita la detección de mutaciones en miles de genomas tumorales en poco tiempo.
A este respecto hay que recordar que el BSC participa en la mayor iniciativa mundial de genómica del cáncer a través del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer, que pretende analizar los genomas de miles de pacientes para estudiar las bases genéticas de la aparición y la evolución de un gran número de tipos tumorales.
